Program Doktor (S3) Ilmu Ekonomi STIE Mahardhika merupakan perwujudan dari komitmen untuk menghadirkan pendidikan berkualitas dengan standard yang tinggi bagi masyarakat. Program Studi ini hadir sebagai jawaban atas tantangan perkembangan serta inovasi dalam bidang perekonomian yang semakin pesat, serta diharapkan mampu menjadi wadah pengembangan perekonomian berbasis kerakyatan melalui riset dan penelitian yang nantinya dilakukan. 

​

Mengusung visi menjadi Program Studi Doktor Ilmu Ekonomi yang menghasilkan lulusan yang berkemampuan dalam bidang ilmu ekonomi berbasis riset dan ICT (Information Communication Technology) pada tahun 2025 di tingkat nasional. Program Studi ini bertujuan untuk menghasilkan Doktor Ilmu Ekonomi yang memiliki kemampuan dan daya saing dalam hal :
- Peningkatan mutu keilmuan terutama bidang ekonomi yang kreatif dan inovatif.

- Penelitian, pengembangan dan penerapan ilmu di bidang ekonomi.

- Gagasan dan penerapan ilmu pengetahuan di bidang ekonomi yang kreatif dan inovatif dalam peningkatan kesejahteraan masyarakat.

Beberapa Mata Kuliah Penting yang akan diperoleh nantinya adalah Ekonomi Kelembagaan dan Kebijakan Publik, Ekonomi Kesejahteraan dan Kerakyatan, Perencanaan dan Penganggaran Keuangan Daerah, Ekonomi Industri dan Perdagangan Internasional, serta Ekonomi Pembangunan Indonesia.